Все действия предприятия направлены на сбережение окружающей среды в регионе. Новая экологическая программа включает 20 новых проектов по трем  основным направлениям: охрана и рациональное использование водных ресурсов, охрана атмосферного воздуха и работа с отходами.

Для реализации уменьшения выбросов в атмосферу идет модернизация второго потока установки "Мокрый катализ". Это решает проблему утилизации сероводорода и снижения диоксида серы в выбросах.  Весь сероводород, образующийся при производстве нефтепродуктов экологических классов, превращают в нужную серную кислоту, а в перспективе, после строительства комплекса гидрокрекинга, – в серу. И опасным сернистым соединениям поставлен надежный заслон.
Новая программа предусматривает строительство эстакады герметичного налива бензинов, реконструкцию установки замедленного коксования с внедрением закрытой системы продувки коксовых камер, оборудование резервуаров понтонами. Это позволит до минимума сократить попадание углеводородов в атмосферу.  
Для повышения эффективности очистных сооружений прошла реконструкция очистных сооружений с внедрением технологии нитрификации-денитрификации, проведена модернизация нефтеловушек. Это позволило сократить содержание в стоках нитритов. Идет реконструкция оборудования, отвечающего за механическую очистку сточных вод, строительство блока мембранной биоочистки. Новое оборудование позволит снизить содержание загрязняющих веществ в сточных водах до норм водоемов рыбохозяйственного назначения.
НК НПЗ стал одним из первых нефтеперерабатывающих предприятий страны, где стремятся к высоким нормативам доочистки сточных вод. Проект решает две проблемы: улучшает качество стоков и значительно экономит водопотребление.
Третья составляющая экологической программы – снижение загрязнения почвы и работа с отходами. НК НПЗ заканчивает реконструкцию комплекса по переработке нефтешламов. Теперь они не попадут в почву, их будут собирать и направлять на очистку. В числе перспективных проектов новой экологической программы – строительство на территории ННПЗ площадки, где обезвреживание нефтесодержащих отходов будет производиться с помощью бактерий и биогенных добавок.
Также идет модернизация производства, благодаря которой будет построено три современных технологических комплекса. Завод полностью перейдет на выпуск продукции, соответствующей международным экологическим стандартам "Евро-5",  выбросы в атмосферу снизятся на 25% от существующего уровня. Уже сегодня НК НПЗ выпускает продукцию "Евро-4" и "Евро-5", где строго регламентировано применение веществ, негативно влияющих на окружающую среду. Новокуйбышевский НПЗ стремится не только выпускать чистые нефтепродукты, наносящие минимум вреда природе, но и само производство делает экологически безопасным.